Fondato nel 1861 dall'abate Vincenzo Zanetti, con l'annessione di Murano a Venezia diventa parte dei Civici Musei con sede nel palazzo Giustinian. Si apre con una piccola sezione archeologica sulla lavorazione artistica del vetro da parte dei Romani; una sala illustra la tecnologia dei maestri muranesi; il Salone d'onore è arredato con tre enormi lampadari ottocenteschi in vetro soffiato. Seguono le Sale del vetro medievale e di quello rinascimentale (tra i pezzi più prestigiosi la coppa nuziale Barovier attribuita ad Angelo Barovier). Calici, coppe, recipienti di cristallo impreziosiscono la Sala del Cinquecento. Elaboratissimi i vetri filigranati e a reticello, quelli barocchi e quelli del Settecento. Una sezione è dedicata ai vetri stranieri, spagnoli e boemi, mentre un'accurata selezione presenta i vetri prodotti tra Ottocento e Novecento. Nel 1984 si è aperto un secondo museo in Campo Manin, dedicato al vetro contemporaneo