Il suo nome proviene dal fiume che scorre a ovest della città antica, il Selinon (oggi Modione); questo a sua volta lo deriva dal nome greco del prezzemolo selvatico, assai diffuso nel sito dell'insediamento e simbolo della città, come attestano le monete. Selinunte venne fondata dai coloni di Megara Hyblaea nel 628 a.C. e costituì la colonia greca più occidentale della Sicilia. Alleata dapprima con Cartagine e, dopo la battaglia di Himera, con Siracusa, conobbe un notevole sviluppo che la portò in rotta di collisione con Segesta per dispute territoriali e di predominio; e proprio da Segesta, alleata per l'occasione coi cartaginesi, venne duramente sconfitta e distrutta nel 409 a.C., in uno dei più terribili massacri del mondo antico; distruzione completata, alla fine della prima guerra punica, dai romani, che abbatterono le poche case rimaste in piedi. In epoca cristiano-bizantina e araba piccoli gruppi di persone continuarono ad abitare l'acropoli, ma nel medioevo di Selinunte si perse anche il nome, complice un violentissimo terremoto che cancellò le poche strutture superstiti. Solo alla metà del XVI secolo il domenicano Tommaso Fazello identificò l'area dell'antica città; gli scavi ebbero però inizio nel 1823, grazie a due archeologi inglesi, William Harris e Samuel Angell, ai quali si deve la scoperta delle metope che adornavano i templi (Selinunte fu l'unica città greca in Sicilia ad avere decorato i propri templi con metope scolpite), oggi conservate nel Museo archeologico di Palermo assieme agli altri ricchi reperti.