Nella controfacciata, a destra dell’ingresso centrale, una scala scende al piano di calpestio del quarto secolo, circa quattro metri sotto il livello del sagrato. Si visitano gli scavi archeologici paleocristiani, con tracce del battistero ottagonale di S. Giovanni – dove tradizione vuole che il vescovo Ambrogio battezzasse, la notte di Pasqua del 378, il futuro sant’Agostino, e della basilica estiva di S. Tecla.