A nulla valsero le proteste della comunità di rito greco: l'antica chiesetta di S. Nicolò venne abbattuta per far posto alla chiesa dell'Ordine, innalzata nel 1575 secondo il modello dell'omonima chiesa romana, su disegno di Giovanni De Rosis. Sopra il portale dell'edificio spicca lo stemma della Compagnia di Gesù (il monogramma di Cristo racchiuso in una raggiera), mentre la concezione unitaria dello spazio interno, ad aula unica e con transetto appena pronunciato, corrisponde allo spirito controriformista della devozione collettiva e della predicazione. Oltre che dalle tele di scuola napoletana che ornano gli altari laterali, lo sguardo viene catturato dal barocco altare maggiore, sontuoso apparato concavo attribuito a Giuseppe Cino (1699).