La cripta di S. Nicola, definita la 'Cappella Sistina della civiltà rupestre', a croce latina inscritta, offre un'autentica pinacoteca d'arte bizantina lungo le pareti, i pilastri e le nicchie. L’abside centrale ospita una grandiosa Deesis con un severo Cristo Giudice nello scomparto centrale e le figure dei due intercessori, Maria e Giovanni Battista in quelli laterali. Tra gli altri santi che decorano pilastri e sottarchi si segnalano soprattutto i notevoli S. Pietro e S. Parasceve.