L’architetto giapponese Tadao Ando, che ha diretto i lavori di recupero e riadattamento, ha rispettato la disposizione a capannoni affiancati della struttura e in generale l’antico corpo di fabbrica nel quale ha inserito – a vista – spazi, percorsi, scale pertinenti alla nuova funzione: un cubo liscio in cemento armato, posto quasi al centro del triangolo della vecchia Dogana, fa da asse all’impianto. Mura in mattoni e soffitti lignei a capriate dialogano felicemente con infissi metallici, calcestruzzi architettonici, chiari pavimenti in cemento e linoleum. Con questi ambienti dialogano a loro volta le opere d’arte contemporanea delle mostre organizzate dalla Collezione François Pinault. Dai finestroni del piano rialzato si aprono viste sul Canal Grande e il canale della Giudecca. Il panorama si dilata all’esterno, dalla punta della Dogana, aprendosi quasi a grandangolo sul bacino di S. Marco alla confluenza dei canali, dal campanile di S. Marco al folto d’alberi dei Giardini, a S. Giorgio Maggiore, alle Zitelle e al Redentore sull’isola della Giudecca.