All'interno del museo (ancora in ristrutturazione e parzialmente visitabile) saranno collocate due sezioni: la prima (inaugurata il 27 ottobre 2004) con gli strumenti di fisica del laboratorio ottocentesco del liceo, laboratorio già promosso da A. Volta. La seconda sezione, tuttora in fase di allestimento, riguarderà le collezioni naturalistiche che furono patrimonio del Museo di Storia naturale della città di Como dal 1847 fino al secondo dopoguerra