Situato nella sala dei Carabini dell'appartamento Ducale e nei locali della Galleria Nuova, è strutturato in dodici sezioni che vanno dall'archeologia alle committenze religiose fino alla storia dei mestieri delle armi. Documenti, stampe, dipinti monete, mobili raccontano la storia di Mirandola fino al XVIII secolo. Il Museo è attualmente chiuso a causa del sisma del 2012