Il museo fu aperto nel 1941 all'interno della Porta San Pancrazio, eretta nel 1644 a difesa del Gianicolo, restaurata in forme neoclassiche dopo i cannoneggiamenti dei Francesi nell'aprile-giugno 1849 e, in seguito, diventata simbolo della resistenza romana. Il museo illustra, attraverso oggetti, ricordi e cimeli, le vicende garibaldine dal 1849. Da segnalare le camicie rosse, le lettere e gli oggetti personali di Giuseppe Garibaldi, dei suoi famigliari e dei suoi fedeli. Una sezione è dedicata ai cimeli (armi, lettere, diari, oggetti personali) degli appartenenti alla Divisione Italiana Partigiana Garibaldi che combatterono in Iugoslavia dal 1943 al 1945