Negli spazi del Palazzo Pretorio restaurato e riaperto nel 2013 viene ospitata una collezione di opere italiane dal 300 al 900 secolo. Al piano terra un percorso fatto di illustrazioni, dipinti e oggetti sulla storia di Prato e sul Palazzo fino alla sua riapertura, sale per esposizioni temporanee, un guardaroba e il bookshop, al primo piano quadri e sculture del tardo Trecento, Quattrocento e del primo Cinquecento tra qui le opere di Donatello e di Filippo Lippi. Nel primo mezzanino è a disposizione un aula didattica per laboratori ludici-didattici per le scuole e i bambini dai 6 agli 11 anni e al secondo piano sono visitabili pale dei secoli XVI-XVIII di chiese e monasteri della città e sale sulla pittura del Cinquecento e Seicento. Nel secondo mezzanino viene ospitata la collezione Martini, al terzo piano, infine, dipinti di autori dell’Ottocento e Novecento e le opere di Jacques Lipchitz