Le collezioni comprendono raccolte mineralogiche, ornitologiche e geologiche; inoltre settori dedicati a numismatica, etnografia sudafricana e documentazione sul traforo del Sempione e sulla strada napoleonica, cimeli su Geo Chavez, primo trasvolatore delle Alpi. In attesa del compimento della ristrutturazione di palazzo S. Francesco le collezioni sono attualmente depositate nei locali attigui all'Ufficio Politiche culturali