Iniziato da Ascanio Caffarelli nel 1538 e ultimato nel 1680, l'edificio subì vari interventi di restauro tra cui, nel 1918, l'apertura della terrazza al posto dei due piani alti dell'ala orientale e il parziale smantellamento del piano terra in funzione degli scavi del tempio di Giove capitolino (o della Triade capitolina), risalente all'epoca degli antichi re di Roma, sulla cui struttura il palazzo sorge. Le eleganti sale, che ospitano il Medagliere Capitolino (raccolta di monete, medaglie, gemme e gioielli) sono accessibili sia dall'esterno sia dall'interno dei Musei Capitolini.