Il complesso della commenda di S. Giovanni di Pré si articola in due chiese cattoliche di stile romanico. La chiesa Inferiore prende corpo nei locali al piano terra. Questi anticamente assolvevano alla funzione di convento e "ospitale" per i pellegrini in transizione da e per la Terrasanta; successivamente per i malati e gli indigenti della città. La costruzione si sovrappone al primo edificio di culto sorto nella zona, la chiesa del Santo Sepolcro; documentata già dal 1098, che doveva custodire le ceneri del Battista. Il tempio che apparteneva all’Ordine dei canonici del santo Sepolcro, con la caduta del Regno cristiano di Gerusalemme, divenne proprietà dei Cavalieri ospitalieri di San Giovanni di Gerusalemme.Dedicata prima a San Giovanni Battista quindi a San Giovanni Evangelista e più recentemente a Sant’Ugo vi si accede, dal fianco destro, oltrepassando un portale sotto il porticato. Tripartita all’interno e con volte a crociera condivideva con la chiesa più antica le pareti perimetrali, l’abside, il transetto e il pavimento in pietra di Promontorio. Realizzato il complesso ospedaliero furono create grandi aperture nel lato opposto all’altare per consentire alle persone accolte nel limitrofo “ospitale” di partecipare attivamente alle cerimonie religiose. A partire dalla metà del Cinquecento lo spazio della chiesa venne smembrato e suddiviso da tramezze. Recenti restauri hanno rimesso in luce cicli di affreschi di epoche diverse. Tra le opere di interesse artistico si ricordano gli affreschi della Cappella di Santa Margherita e i medaglioni con scene del Giudizio Finale. Del XIII sec. è il Trionfo di Cristo circondato da quattro angeli e le coeve figure di diaconi. Da non dimenticare le pitture cinquecentesche con le scene della vita di Sant’Ugo. Ai lati dell’ingresso sono: La conversione di un giovane (Lazzaro Calvi e bottega) e Visioni di San Giovanni a Patmos (Marco Antonio Calvi).Nel complesso faceva bella mostra di sé la pala d’altare Dottori della Chiesa (Pier Francesco Sacchi, 1515), oggi al Louvre.