Fondata nel IX secolo, la chiesa subì numerosi rimaneggiamenti, che ne alterarono l’originario impianto a tre navate. A metà della navata destra si apre la cappella di S. Zenone, che Pasquale I fece aprire nel sec. IX come mausoleo della madre Teodora. Si tratta di un ambiente a pianta quadrata, coperto da volta a crociera e interamente rivestito da preziosi mosaici a fondo oro di scuola bizantina: il portale di accesso riutilizza materiali antichi, il pavimento è quello originale, i mosaici che ricoprono le pareti raffigurano il Salvatore tra santi; nel vano a destra dell'ingresso la colonna della Flagellazione, tronco di pilastro portato da Gerusalemme nel 1223 e creduto quello cui fu legato Gesù. Altri mosaici del sec. IX si conservano nella parte alta dell’arco trionfale che divide la navata principale dal presbiterio. L'abside risplende di mosaici, anch'essi forse dell'epoca di Pasquale I: nel mezzo del semicatino, Cristo benedicente; a sin., S. Paolo che cinge col braccio S. Prassede, e papa Pasquale offerente la chiesa. La zona del presbiterio e della cripta fu modificata dopo il 1730 da Francesco Ferrari: per la scala centrale si scende in un corridoio al termine del quale è l'originaria cripta semianulare (sull'altare, paliotto cosmatesco); due gradinate di rosso antico salgono al presbiterio: il ciborio, che utilizza quattro colonne di porfido rosso, è opera del Ferrari (1730). Il pavimento della chiesa, quasi integro, è uno dei rari esempi sopravvissuti di opus sectile a marmi policromi.