La chiesa fu costruita fra 1565 e 1569 su disegno di Giorgio Vasari. La facciata marmorea con stemma dell’Ordine (1594-1606) fu invece progettata da Giovanni de’ Medici. La affiancano due ali create nel 1682 come spogliatoi dei cavalieri, trasformate nell’800 in navate laterali, con facciate in mattoni del 1935. Anche il progetto del campanile (1570-1572) è di Vasari.<br>All’interno, le due ali minori affiancano la navata originaria, con soffitto ligneo intagliato (1605) e ornato da tavole di Cristofano Allori, Jacopo Ligozzi, Cigoli ed Empoli. In controfacciata e alle pareti si trovano trofei sottratti ai turchi e decorazioni in legno di galere da parata seicentesche.<br>La Lapidazione di S. Stefano (1571), così come il disegno delle due grandi acquasantiere in marmo, sono anch’esse opera di Vasari. La Natività (1564) è di Agnolo Bronzino.<br>Il presbiterio è fiancheggiato da due organi, opera di Onofrio Zeffirini da Cortona (1571) e di Azzolino della Ciaia (1733).