Per sancire l'importanza dell'insediamento dei Francescani a Todi, il Comune decise nel 1292 la costruzione di questa chiesa su un precedente edificio del 1192. La facciata, rimasta incompiuta, fu realizzata da Giovanni di Santuccio di Firenzuola (1415-1458) e ha come fulcro il portale maggiore a sesto acuto con sculture nella cornice esterna. L'interno, a tre navate voltate a crociera, presenta un frammento di affresco eseguito da Masolino da Panicale (Madonna col Bambino e angeli, 1432); una pala centinata di Andrea Polinori, firmata e datata 1618 (cappella Gregoriana, in fondo alla navata destra), e un coro ligneo scolpito e intagliato da Antonio Maffei (1590). La cappella dell'Assunta (navata sinistra) è interamente decorata con affreschi e tele di Andrea Polinori.<br>Nella cripta riposano le spoglie di Jacopone da Todi insieme a quelle dei santi protettori della città.