Ubicato nell'ex chiesa di S. Marco, è un centro espositivo-laboratorio indirizzato alla valorizzazione del patrimonio naturalistico del territorio del parco e del carsismo, che si avvale delle più moderne tecnologie per trasmettere ai visitatori informazioni e conoscenze sullo sviluppo storico e geografico dell'Appennino umbro-marchigiano. Il Museo ospita inoltre il Centro di Documentazione sulle Aree Carsiche ed è stato realizzato dal comune di Costacciaro in collaborazione con esperti locali e delle università di Urbino, di Perugia di Modena-Reggio Emilia