Il museo, annesso al seicentesco convento dei Cappuccini, è diviso in quattro sezioni: una di arte sacra con dipinti, statue, monili e una raccolta di preziosi volumi; una di archeologia con reperti, di provenienza non solo sarda, databili tra il Neolitico e il medioevo; una sezione etnografica, che ricostruisce aspetti della vita conventuale degli ultimi secoli, con prodotti dell'artigianato specializzato come orologi di campanile, manufatti in legno, tessuti, nonché prodotti di erboristeria, e una sezione dedicata a minerali e fossili, inaugurata nel 2004 dopo la ricatalogazione dell'interessante raccolta