La gipsoteca, parte del patrimonio del dipartimento di Scienze storiche dell'Antichità, si sviluppa su due piani espositivi. La costituzione della raccolta di gessi su originali greci, etruschi e romani risale alla fine degli anni Sessanta del Novecento quando, nata come gabinetto scientifico per l'insegnamento dell'archeologia e lo studio delle opere d'arte antiche, fu sistemata al piano terra del settecentesco palazzo Alfani-Manzoni e nel 1970 inaugurata negli spazi attuali. La collezione offre una visione relativamente completa dei capolavori dei maestri dell'antichità e la possibilità di esaminarli in copia diretta in gesso: conta 82 esemplari di arte greca, etrusca, romana, tra cui alcuni di alto valore antiquario. Di rilievo il Nilo realizzato da Antonio Canova, il Marte di Todi, la Chimera d'Arezzo, l'Arringatore. Sono presenti inoltre anche calchi tratti da rilievi monumentali e funerari e un plastico dell'arco di Traiano a Benevento