Fondato nel 1591 dal granduca Ferdinando I, è uno dei più antichi musei di storia naturale del mondo. Situato nella certosa di Pisa, espone collezioni prestigiose come quella dei cetacei, la più grande d’Italia, e curiosità di valore, come le riproduzioni ottocentesche in vetro soffiato di meduse e anemoni di mare. Altri pregevoli campioni sono raccolti nelle sale di paleontologia, mineralogia, zoologia. Oltre alle Gallerie, di notevole importanza l'Acquario d'acqua dolce, il più grande d'Italia con le sue 37 vasche. Di recente allestimento le sale Evoluzione dell’Uomo e Mostri, Miti e Realtà