Il museo trae le sue origini nel 1742, quando Papa Benedetto XIV commissionò all’accademico clementino Ercole Lelli (1702-1766) il progetto di una Camera anatomica che contenesse statue e modelli in cera riguardanti l’intera osteologia e miologia del corpo umano. A Ercole Lelli, fondatore della ceroplastica anatomica, succedettero Anna Morandi (1714-1774) e Giovanni Manzolini (1700-1755) e altri ceroplasti fra cui Giuseppe Astorri (1795-1852) e Cesare Bettini (1801-1885) che estesero la propria attività ceroplastica anche a preparati di anatomia patologica. L’illustre anatomo-patologo Cesare Taruffi ampliò la raccolta con preparati patologici riguardanti malformazioni e anomalie, organi malati e modelli riproducenti malattie acquisite. Recentemente il nucleo più antico di cere anatomiche settecentesche è stato ricollocato nelle Camere originarie dell’Accademia delle Scienze a palazzo Poggi. L’attuale collezione del museo, inaugurato nell'ottobre 2002, comprende modelli in cera di anatomia normale del fiorentino Clemente Susini e dei bolognesi Astorri e Bettini e tutta la collezione di modelli in cera e di preparati a secco di Cesare Taruffi