Il museo conserva dal 1815 arredi sacri, calici, argenti dal XII al XIX secolo, oggetti processionali, dipinti e arazzi dal Trecento all'Ottocento provenienti da chiese e conventi soppressi in epoca napoleonica; in particolare dalla demolita scuola di S. Giovanni dei Battuti. Degni di rilievo i dossali lignei intagliati e scolpiti, decorati con episodi della vita di S. Giovanni Battista da Pietro Morando (1652-1666)