A seguito della distruzione da parte di Federico II del convento fuori le mura, i frati si trasferirono (1319) nella sede di piazza Grande occupando un piccolo oratorio adiacente al palazzo dei Priori. Nel 1494-97 la chiesa venne integralmente ristrutturata, mentre la decorazione interna, avviata nel 1497, fu realizzata in due fasi successive: entro i primi anni del '500 nello stile di Matteo da Gualdo, e a partire dal 1530 con intervento di maestri marchigiani. Restaurato una prima volta nel 1950 e poi nel 1981-97, l'edificio ha una bella facciata in pietra con portale tardogotico e porta secondaria più antica.<br>L'interno ad aula, con arcate e abside voltata, è stato convertito in Museo civico nel 1997, quindi per i danni causati dal terremoto dello stesso anno ha dovuto essere riallestito e riaperto nel 2003. Il patrimonio comprende una serie di affreschi eseguiti tra Quattro e Cinquecento, opere di pittura e scultura provenienti dal Duomo e dal territorio, oltre a reperti archeologici. Tra gli affreschi sono degni di nota quelli di Matteo da Gualdo. Tra i dipinti, Crocifisso su tavola di pittore umbro-romano della seconda metà del '200; polittico eseguito per il Duomo da Niccolò di Liberatore (1483) in ricchissima cornice goticizzante, intagliata e dorata. Tra i materiali archeologici, frammenti di epigrafi romane relative alla viabilità, tra cui la colonna miliare del 76 d.C. dell'imperatore Vespasiano con l'indicazione del diverticolo Prolaquense; un ritratto femminile imperiale e reperti provenienti dalla necropoli del Portone, scavata nell'800 e caratterizzata da 166 tombe longobarde (fine VI-metà VII secolo) dai ricchi corredi.<br>Dalla piazza di S. Francesco scende la via Pontani, con la chiesa di S. Giovanni Battista, che custodisce agli altari barocchi dipinti seicenteschi. Poco oltre si apre la caratteristica piazza Torre Vecchia, di forma semicircolare, palcoscenico nel periodo comunale delle movimentate adunanze del Consiglio del popolo.