Istituito nel 1881, possiede collezioni che documentano la paleobiologia e la preistoria delle popolazioni dell'Italia meridionale. Sono presenti anche collezioni preistoriche provenienti da Asia, Africa e Americhe. Patrimonio inestimabile sono gli scheletri umani epipaleolitici della grotta Romanelli della Puglia. Reperti donati dallo Schliemann, scopritore di Troia e Micene. Sono inoltre esposti suggestivi materiali etnografici.