Nelle tre sale del museo sono esposti: i paramenti sacri, tra cui il parato ricamato in oro di papa Benedetto XIII (1725-1730); ori, argenti e reliquiari datati dal XII al XVIII secolo; tele di pregevole fattura, un manoscritto miniato con lettere cesellate in oro (XV secolo), altri manoscritti e incunaboli. Il percorso museale comprende inoltre la visita all'adiacente chiesa del Purgatorio, che custodisce tele del Guarino e del Solimena, con altare centrale in marmo di Cosimo Fanzago; alla cattedrale; alle chiese di Santa Sofia, Santa Lucia e del Gesù e alle chiese rupestri con affreschi bizantini