Il Museo di Scienze naturali è costituito da un percorso naturalistico che inizia con un viaggio all'interno della Terra dove si possono osservare e toccare campioni di rocce e si possono vedere le più spettacolari eruzioni vulcaniche. La sezione espositiva comprende collezioni paleontologiche, mineralogiche, ornitologiche ed entomologiche. Al centro della sala naturalistica si trova un diorama naturalistico che ricostruisce l’ambiente fluviale della provincia di Alessandria e un cilindro trasparente dedicato all’esposizione di esemplari di farfalle di tutto il mondo. Infine si ascoltano i suoni della natura di un ciclo circadiano. Ogni anno sono attivati laboratori didattici di microscopia vegetale, geologia e paleontologia, ornitologia, ecologia e botanica. Il laboratorio di astronomia è rappresentato dal Planetario e dalla sala didattica astronomica. Sotto la cupola con il nuovo proiettore digitale vengono simulati il cammino giornaliero del sole, il ciclo delle fasi lunari, il moto dei pianeti. Nella sala didattica astronomica sono trattati in dettaglio gli argomenti di astronomia e si eseguono simulazioni ed esperimenti sui moti dei pianeti, su eclissi e maree