Il museo è distribuito su tre piani. Al primo è allestita la mostra archeologica, che si articola in due sezioni: la prima delinea la storia dell'archeologia in Basilicata; la seconda presenta la realtà greca e indigena, strettamente correlate tra loro, fino all'affermazione della popolazione lucana. Il materiale esposto (armi litiche, oggetti d'uso fino all'età del Ferro, iscrizioni osche, greche e latine, terrecotte architettoniche, ex voto, ceramiche a impasto, vasi, ornamenti vari, statue) databile tra il VI e il II secolo a.C., proviene sia da donazioni e rinvenimenti fortuiti sia da scavi a Metaponto, Serra e Rossano di Vaglio, Garaguso. Al piano terra e al secondo piano vengono allestite mostre di pittura e artigianato temporanee