Il museo, sorto nel 1976, ha sede nel Palazzo del Pretorio (XVI secolo) e accoglie numerosi reperti preistorici rinvenuti durante gli scavi compiuti in una grotta naturale di Angera e materiali romani trovati presso l'attuale cimitero a partire dal 1877. Scavi successivi hanno riportato alla luce parte della necropoli relativa all'abitato che in età romana sorgeva sulle rive del lago. La maggior parte delle 178 tombe scavate conteneva oggetti di corredo e frequentemente oggetti di uso alimentare