Nelle tre sale della sezione di Medicina intitolate all'anatomico Antonio Scarpa (1752-1832), al patologo chirurgo Luigi Porta (1800-1875) e all'istologo e patologo Camillo Golgi (1843-1926) sono raccolti cimeli, manoscritti, strumenti chirurgici, preparati anatomici, cartelle cliniche e documenti. Tra i preparati, da segnalare quelli realizzati da Scarpa per il Gabinetto anatomico e quelli relativi allo studio del sistema nervoso per il quale fu assegnato a Golgi il premio Nobel nel 1906. Nella sezione di Fisica, il museo conserva numerosissimi strumenti di meccanica, aerologia, idrologia, acustica, ottica, elettrologia, termologia e meteorologia; il nucleo originario della raccolta comprende gli strumenti costruiti da Alessandro Volta, chiamato a insegnare presso l'ateneo nel 1778, e dai suoi successori