Allestito nel chiostrino di S. Francesco, già facente parte di un convento duecentesco, restaurato nel 1911, il museo, fondato nel 1925, raccoglie reperti preistorici dalla necropoli preromana di Golasecca e da altri sepolcreti preromani e romani di Gallarate, Cassano Magnago e altre località dei dintorni; inoltre una serie di dipinti (XVII-XIX secolo) e documenti di storia locale