Le grotte si aprono sotto la navata centrale della Basilica di S. Pietro, tra il piano della basilica costantiniana e l'attuale. Ospitano tombe di papi (notevole quella di Bonifacio VIII) e la Necropoli precostantiniana. La parte più antica (le Grotte Nuove) è vicino alla Confessione, mentre alla risistemazione voluta da Paolo V nel 1606 risalgono le Grotte Vecchie. Gli scavi che Pio XII vi condusse hanno dimostrato che la prima basilica di S. Pietro non sorse sul circo di Nerone, ma su una necropoli dei sec. I-IV. Numerose le tombe dei pontefici disposte lungo le navate, che si accompagnano a cappelle dedicate alla Madonna, mosaici e rilievi. La tomba di Bonifacio VIII, con la figura giacente del pontefice su ricca urna drappeggiata, è stata eseguita in parte da Arnolfo di Cambio. Di particolare rilevanza anche i frammenti di un portale dell'antica basilica, detto di S. Apollinare, rinvenuto in occasione del restauro (1935-38) dei pilastri dell'attuale; recano tondi con busti di Cristo e di S. Pietro, tra meandri vegetali popolati di uccelli e piccoli animali. Nel corridoio d’uscita, la statua di S. Pietro seduto in cattedra, originale del III sec. di un filosofo o retore, ha di fronte lastre marmoree del sec. I, con decorazione di foglie d'acanto e floreale racchiudente graziose figurine e animali. Completa la visita la Necropoli precostantiniana, cimitero pagano con sepolture cristiane che conserva lastre tombali e rilievi quattrocenteschi. Da notare il Cristo benedicente, superbo altorilievo probabilmente di Giovanni Dalmata e il sarcofago di Anicio Petronio Probo con una successione di arcatelle su colonnine a spirale che incorniciano un rilievo con il Salvatore con croce gemmata tra i Ss. Pietro e Paolo.