Sorge su una collina di forma irregolare leggermente inclinata verso il mare, che domina per un lungo tratto di costa in un ambiente tra i più suggestivi dell'intera Sicilia mediterranea. Il pianoro è attraversato da due arterie perpendicolari, intersecate regolarmente da vie minori, che dividono in quattro quartieri il complesso murato. Questo, oltre a svariati edifici pubblici o connessi al culto, ospita cinque templi, rivolti verso est (così come quelli greci) e il porto (oggi interrato) che si trovava alla sua foce. I templi A e O, vicinissimi l'uno all'altro e talmente simili nella pianta periptera esastila da far pensare che fossero dedicati a Castore e Polluce, sono i più recenti: furono infatti eretti tra il 490 e il 480 a.C. Durante il periodo di permanenza dei cartaginesi in città il pronao del tempio A fu adibito ad area sacra e venne pavimentato a mosaico. Il piccolo tempio B, prostilo tetrastilo, risalente all'epoca ellenistica, era forse dedicato a Empedocle, il famoso filosofo e scienziato agrigentino che avrebbe diretto le opere di drenaggio delle acque di Selinunte. A poca distanza è il tempio C, il più grande e il più antico dell'acropoli; forse dedicato ad Apollo, fu eretto circa alla metà del VI secolo a.C. Periptero esastilo, aveva 42 colonne (rispettivamente 6 e 17 per lato): nel 1925-26 ne sono state sollevate e ricostruite 12 del lato nord. Da questo tempio provengono le tre celebri metope conservate al Museo archeologico di Palermo. Il tempio D, costruito intorno alla metà del VI secolo a.C., era forse dedicato ad Afrodite. Periptero esastilo (rispettivamente 6 e 13 per lato), era rivestito da ornamenti in pietra, con colonne leggermente convesse. Attorno ai templi C e D sono le rovine di un villaggio bizantino del V secolo. Poco lontano dall'angolo nord-est del tempio D, si trova il basamento di un tempietto arcaico, il cosiddetto "tempio delle piccole metope" risalente al VI secolo a.C. Percorrendo verso nord la via principale, che rasenta la fronte ovest del tempio D, e deviando nelle vie laterali, si possono osservare i resti della città ricostruita da Ermocrate dopo la distruzione del 409 a C. La via termina all'estremità nord dell'acropoli, alla porta Principale, difesa all'esterno da grandiose opere di fortificazione: resti della cinta muraria, di torri, bastioni e trincee, in parte risalenti alla città antica e in parte alle ricostruzioni di Ermocrate. All’ingresso meridionale dell’acropoli si trova la Casa del Viaggiatore, già cinquecentesca torre di avvistamento, riservata agli uffici del Parco archeologico.