Nasce dalla sinergia tra il Comune e l'Università di Pisa ed è una delle più importanti raccolte di grafica contemporanea che, nel presentare figure quali Sebastiano Timpanaro, Carlo Ludovico Ragghianti e Giulio Carlo Argan ci accompagna lungo le vicende artistiche del XIX e XX secolo. Il Museo ospita inoltre le collezioni del Gabinetto Disegni e Stampe, importante raccolta sorta nel 1957 su iniziativa di Ragghianti e costituita da oltre 8.000 opere su carta che offre agli studiosi la possibilità di consultare non solo importanti nuclei di grafica moderna e contemporanea (tra cui incisioni di Giovanni Fattori, Luigi Bartolini, Giorgio Morandi e il nucleo di disegni dell'architetto futurista Mario Chiattone), ma anche una ricca documentazione bibliografica e documentaria dagli anni Cinquanta agli anni Settanta