La parte espositiva occupa i locali del tardosettecentesco Carcere borbonico, costruito dall'architetto siracusano Natale Bonaiuto e raro esempio di architettura carceraria settecentesca. I musei derivano dal Gabinetto di Archeologia e di Storia naturale voluto nel 1843 da Emanuele Taranto Rosso e ricostruito nel 1914 da don Luigi Sturzo. Le collezioni si articolano in una sezione archeologica e una pinacoteca: quest'ultima presenta una raccolta di dipinti di elevata qualità, testimonianza della ricca attività artistica della città, e una raccolta di opere storiche che permettono di cogliere il ruolo delle Universitas nella vita religiosa e civile. Significative sono la collezione dei Privilegi concessi alla città dall'epoca normanna, e quella dei dipinti di fine Ottocento e primi Novecento, con opere di Lo Jacono, Ciardi, Caprile, Bazzaro, Nitti, Esposito, Corrado e altri. Nel vicino palazzo Libertini sono ospitati i servizi offerti al pubblico: archivi, biblioteca, laboratorio etnoantropologico, sala didattica, laboratorio di restauro