Il museo è stato ricavato, a partire dal 1981, nei sotterranei del transetto della chiesa Madre collegando vari ipogei con gli ambienti del corpo della vecchia canonica. Ospita opere d'arte e arredi che risalgono al XVII-XVIII secolo e che testimoniano la ricchezza culturale della città: argenti, oreficerie, oggetti devozionali, arredi e paramenti sacri, tessuti, maioliche, dipinti e sculture, stampe e matrici per la stampa. Da segnalare il corredo di argenti della confraternita del Calvario, tra cui un ostensorio del 1755, opera dei messinesi Andrea e Pietro Paparcuri. Di recente apertura la sala delle Sculture, con opere dal Quattrocento al Seicento, e le vetrine delle donazioni. A breve saranno aperti i piani superiori che ospiterranno circa 120 tele nella pinacoteca. Sono allestite inoltre mostre temporanee