Tutto, in questo ambiente sacro barocco del XVII secolo, richiama il culto della morte e delle anime del Purgatorio, una devozione che i napoletani hanno mantenuto per secoli malgrado i ripetuti divieti della gerarchia cattolica. Il motivo dei teschi e delle tibie incrociate in bronzo si ripetono ossessivamente all'esterno e all'interno dell'edificio, e ricompaiono nell'impressionante motivo del teschio alato scolpito sulla parete di fondo dietro l'altare maggiore a ricordare la caducità dell'esistenza e la dannazione del peccato. Anche l'architettura ideata da Giovan Cola di Franco nel 1616 traduce nel disegno la rappresentazione di due mondi sovrapposti: sopra la chiesa, nella sua dimensione terrena, e sotto l'ipogeo, spazio nudo ed essenziale che simboleggia la dimensione del purgatorio. La scenografia barocca si concentra in particolar modo nella zona absidale, con un fastoso paramento in marmi commessi di Dionisio Lazzari e la tela della Madonna e delle anime purganti di Massimo Stanzione, in cui la Vergine, sorretta da pesanti nuvoloni, è raffigurata nell'atto d'indicare i corpi delle anime che hanno conquistato la salvezza. Notevoli sono alcuni dipinti: S. Alessio moribondo, del giovane Luca Giordano (1661, terza cappella destra), e Transito di S. Giuseppe di Andrea Vaccaro (terza cappella sinistra), che raffigura il sereno trapasso di un uomo vissuto in santità. Per una scala a sinistra dell'ingresso si scende al vasto ipogeo, in cui sono sepolture più o meno antiche (vi sono custoditi presunti corpi di crociati) oggetto della continua venerazione popolare. Sul lato opposto di via dei Tribunali (che in questo tratto insiste sul sito dell'agorà greca e del Foro romano), al N. 339 il gotico palazzo di Filippo di Valois ha un raro portico di età ducale.