Il museo, allestito nei locali che circondano il chiostro maggiore del cinquecentesco ex convento di S. Giuseppe, conserva codici miniati, oggetti liturgici, arredi, tessuti e dipinti tra il XV e il XVIII secolo, tra cui un trittico di S. Orsola di Antonio Vivarini e la Madonna col Bambino, capolavoro del '300 veneto di Paolo Veneziano. Sono ospitate qui anche alcune grandi pale d’altare appartenenti alla Pinacoteca Tosio Martinengo.