Scoperte nel 1887 sotto la basilica dei Ss. Giovanni e Paolo, e indicate dalla tradizione come le abitazioni dove i martiri eponimi vissero e furono sepolti, costituiscono uno straordinario complesso di oltre 20 ambienti ipogei, con affreschi databili tra il III e il XII secolo splendidamente conservati (notevole la scena marina nel ninfeo di Prosperina). Nell’annesso Antiquarium, reperti di scavo e ceramiche islamiche.