Raccolte archeologiche provenienti dal territorio e dalla città di Modena dal Paleolitico al medioevo. Di rilievo i materiali dell’età del Bronzo delle terramare e i resti neolitici della raccolta di Fernando Malavolti. Pregevoli reperti in bronzo di età etrusca e importanti testimonianze della città romana di Mutina e del suo territorio. Annesso al museo è il Lapidario romano con monumenti funerari provenienti da recenti scavi nella città e nel territorio. Nella sezione etnologica sono esposti materiali provenienti dalla Nuova Guinea, Perù precolombiano, Amazzonia, Africa e Asia