Il museo è stato istituito dal Comune di Comacchio nel 2001 all'interno delle antiche carceri e dei magazzini ristrutturati, spazi un tempo destinati alla marinatura del pesce. Il Museo espone il consistente carico della nave commerciale romana di epoca augustea (fine del I secolo a.C.) ritrovata nell'autunno del 1980 nel canale collettore di Valle Ponti, a pochi chilometri dal centro di Comacchio. Il relitto dello scafo è ricoverato nel padiglione-laboratorio annesso al Museo per un intervento conservativo (non è attualmente visibile al pubblico). Il percorso è organizzato in due sale: nella sala a pianterreno sono presenti gli strumenti per il governo e la manutenzione della nave, gli oggetti di uso quotidiano per l'alimentazione, l'igiene e lo svago di equipaggio e passeggeri, oltre alle riproduzioni in scala dello scafo. Al piano superiore è esposto il carico commerciale: lingotti di piombo, anfore italiche ed egee, ceramica comune, vasellame pregiato e sei rari tempietti votivi in piombo argentifero