Ha sede nel centralissimo palazzo Galvani, già Ospedale della Morte. Il suo patrimonio è costituito in primo luogo dalle ricchissime raccolte di materiali che documentano l'archeologia bolognese, dalla preistoria all'età romana, fra cui spiccano i numerosi corredi funerari etruschi di età villanoviana e felsinea. Importanti nuclei collezionistici sono esposti nelle sezioni etrusco-italica, greca, romana ed egizia. Quest'ultima, completamente rinnovata nel 1994, una delle più importanti d'Europa con i suoi 3.500 pezzi, è articolata in tre sale che comprendono i rilievi dalla tomba di Saqqara del faraone Horemheb; lo sviluppo cronologico dell'arte; sezioni tematiche quali la scrittura, i riti, le credenze funerarie e gli aspetti magici della religione. Il notevole medagliere è visitabile in via virtuale, tramite le postazioni dedicate al pubblico nella sezione informatica. Di recente inaugurazione, una sezione dedicata a Bologna nella preistoria