Sono riunite dal 1937 in sale del Palazzo comunale che furono residenza del legato pontificio dal 1508 fino al 1859 e, fino al 1933, della Prefettura. I nuclei principali sono costituiti da opere provenienti dalle collezioni Pelagio Palagi (1860), Cincinnato Baruzzi (1878) e della famiglia Rusconi (inizi Novecento). Comprendono oltre 250 tele, oggetti d'arte, miniature, mobili, arredi sacri e profani, merletti e ricami degli inizi del Novecento. La collezione dei dipinti offre una raccolta di opere cronologicamente completa, in prevalenza della pittura bolognese. L'arte medievale è degnamente rappresentata da un'opera di Simone de' Crocefissi e due di Vitale da Bologna (S. Pietro e un pellegrino e Ss. Antonio abate e Giacomo). Particolarmente consistente è la sezione dedicata al Seicento, Settecento e Ottocento, con tele di Donato Creti, Giuseppe Maria Crespi (Ritratto del cardinale Lambertini), Gaetano e Ubaldo Gandolfi, Ludovico Carracci (S. Caterina in Carcere), Guido Cagnacci (Cleopatra e Lucrezia), Francesco Hayez (Ruth). Nell'ala nord, riaperta dal 2002, è collocato un importante nucleo di dipinti, dai "primitivi" alla fine del Settecento. Tra le opere di pregio, crocifissi lignei dipinti e scolpiti (1200-metà 1400) provenienti da edifici religiosi soppressi del Bolognese, dipinti tra rinascimento e manierismo e sette importanti tele di Vittorio Maria Bigari e Pietro Paltronieri detto il Mirandolese provenienti da palazzo Aldrovandi, paesaggi con rovine e architetture classiche e gotiche