Il museo conserva i resti del DC9 partito da Bologna e abbattuto nel mare di Ustica il 27 giugno 1980. Il relitto dell'aereo è mostrato all'interno di una cornice evocativa creata dall'artista francese Christian Boltanski. Le 81 vittime della strage sono ricordate attraverso altrettante luci che dal soffitto si accendono e si spengono al ritmo del respiro. Intorno al velivolo ricostruito, 81 specchi neri riflettono l'immagine di chi percorre il ballatoio, mentre 81 altoparlanti emettono frasi sussurrate, pensieri comuni e universali, a sottolineare la casualità e l'ineluttabilità della tragedia. Dieci casse nere sono state disposte dall'artista intorno ai resti riassemblati del DC9: in ognuna di esse sono raccolti gli oggetti personali appartenuti alle vittime