L’attuale Orto botanico venne istituito nel 1773 per iniziativa di Carlo Firmian, governatore della Lombardia, a quei tempi annessa all’Austria. Fu progettato sul modello dell'Orto dei Semplici di Padova e diretto da Giovanni Antonio Scopoli; le serre progettate dall’architetto Luigi Canonica furono costruite pochi anni dopo. Fin da subito svolse un’intensa attività; inizialmente doveva essere sede di insegnamento medico e solo in un secondo momento divenne luogo di ricerca nella botanica e nelle scienze naturali. Oggi su una superficie di circa 15.000 mq ospita all’incirca 2.000 specie. Desta curiosità anche ai profani il roseto antistante all’Istituto di Botanica, organizzato in modo da evidenziare le relazioni tra le varietà coltivate con le specie spontanee. Esemplari arborei significativi si trovano un po’ ovunque; lateralmente all’Istituto ci sono Pinacee, Taxacee e dei Ginkgo, posteriormente si trovano una magnolia, un albero dei tulipani (Liriodendron tulipifera), un albero dei fazzoletti (Davidia involucrata) e, ultracentenaria, una pianta del the (Camellia sinensis). Interessante è anche l’arboreto, posto nella parte estrema dell’Orto, dove vive maestoso il “platano di Scopoli” (Platanus occidentalis) vecchio di oltre 200 anni. Nelle serre crescono piante tropicali (palme, felci, Aravcee, tra le quali si riconoscono specie coltivate anche in appartamento) e piante utili come il pepe (Piper nigrum) o Eugenia cariophyllata, i cui fiori in boccio ed essiccati sono noti come chiodi di garofano. Ci sono infine un’apposita serra per piante succulente e Cicadacee e un ricovero per specie mediterranee.