Il museo consta di due raccolte: paleontologica ed entomologica. La prima documenta, attraverso gli oltre 1.500 reperti e le tavole didattiche, la nascita della valle Brembana; la seconda espone una ricca collezione di lepidotteri. Si possono inoltre ammirare una completa documentazione fotografica delle fasce vegetazionali della valle, una sezione botanica, la più recente sezione dedicata alla fauna selvatica e il nuovo suggestivo diorama con alcuni rari esemplari della fauna orobica