È sistemato nei palazzi trecenteschi dell’Archivio (per la sezione archeologica) e del Consiglio (per la sezione medievale e moderna). La sezione archeologica raccoglie reperti dal Paleolitico alla tarda romanità riferiti all’area veneta e alla zona lagunare: tra l’altro, grandi asce in pietra levigata, vasi greci dipinti, materiali etruschi e paleoveneti, oggetti d’uso di età romana (il loro ritrovamento a Venezia, Torcello e in altre isole apre una questione relativa al popolamento della Laguna in età romana, dunque alle origini di Venezia stessa). Nella sezione medievale e moderna spiccano frammenti musivi e i resti della duecentesca pala d’argento della Cattedrale.