Ospitato a villa Molaroni dal 1986, raccoglie testimonianze relative alla storia della marineria pesarese, rende omaggio alle tradizioni artigianali legate ai cantieri navali, dalla costruzione di ancore e polene, alle arti del porto, evidenziando il ruolo economico e sociale della marina nello sviluppo della città. Al museo, riaperto nel 2007 dopo il restauro della sede e la risistemazione dell'attrezzatura che vi è conservata, è annessa una biblioteca specializzata in navigazione, pesca, biologia e letteratura marina