Posto all’interno del santuario, è composto da grandi sale quattrocentesche e da ambienti significativi dell’antica vita del convento. Espone pregevoli corali miniati, suppellettili liturgiche, parati, dipinti. Particolare rilievo hanno un bellissimo crocifisso ligneo policromo di Giovanni Angelo Montorsoli e un busto di Cristo in ceramica attribuito ad Andrea della Robbia. Il percorso si conclude con l’ambiente più caratterizzante del museo, il "fuoco comune", luogo di raccoglimento, nelle gelide serate invernali, dei frati intorno a frate focu