All’interno del cinquecentesco palazzo Amalteo il museo si articola in sezioni espositive di mineralogia, di paleontologia – con la ricostruzione a grandezza naturale di un mammuth – e una celebre collezione ottocentesca di uccelli impagliati.<br>Nel Theatrum Naturae sono esposte meraviglie e curiosità naturali raccolte tra il XVI e XVII secolo. Completano il percorso collezioni di strumenti scientifici e di modelli navali.