È allestito negli ambienti cinquecenteschi del convento, contesto originario delle opere esposte. Documenta la storia della basilica cristiana e del sito da essa occupato, compreso nell'area dell'agorà-Foro di “Neapolis”, dal periodo greco-­romano al XVIII-XIX secolo, ed espone reperti greco-romani e paleocristiani dal sottostante sito archeologico, affreschi staccati dalla chiesa e una collezione di statue di pastori sette-ottocenteschi della preziosa collezione del convento. Una novità proposta dal Museo dell'Opera di S. Lorenzo è la visita spettacolo dell'antica città di “Neapolis”, nell'area archeologica. Attori in costume mettono in scena sequenze di vita dell'antica Roma per far rivivere ai visitatori accolti nell'antico mercato romano le pratiche, i gesti, i colori, i profumi e le tradizioni di un'epoca ormai scomparsa.